Les origines du couvent remontent à des périodes antérieures à 1138. Les récentes découvertes faites lors de la restauration du couvent ont ajouté un autre morceau de l'histoire du territoire romain. Derrière l'abside de l'église, a été trouvé un plancher de briques disposées à chevrons. L'hypothèse de la fiabilité de cette découverte, c'est que le même site déjà à l'époque romaine, fut occupé par un bâtiment d'origine sacrée. L'ensemble conventuel a été construit en 1268 pendant le pontificat du pape franciscain Clément IV, à côté d'une église actuelle dédiée à Sainte Agnes, non loin du monastère bénédictin de Sainte Marie Agraiano près du village de Saint Pio. Au cours des siècles, il a connu plusieurs changements. Le couvent a dans le cloître le noyau autour duquel se trouvent les différents milieux conventuels et l'église du XIV siècle. Il convient de noter les différentes colonnes et chapiteaux du porche où il est évident que l'esprit de la Renaissance a influencé la reconstruction de la fin du XV siècle. La façade de l'église a un beau portail roman. Au-dessus, dans la lunette votive, voir Sainte Claire à droite, bien que modeste dans les attitudes et à gauche, Saint François à genoux s'offre avec la main gauche sur le coeur à l'enfant Jésus, qui dans le sein de la Vierge Marie et le globe dans sa main gauche (Salvator Mundi), l'accepte et le bénit.