Le origini del convento risalgono ad epoche anteriori al 1138. Recenti ritrovamenti effettuati in occasione del restauro del convento hanno consentito di aggiungere un altro tassello alla storia romana del territorio. Dietro l'abside della chiesa, fu rinvenuto un pavimento romano con mattoni disposti a spina di pesce. L'ipotesi più attendibile per tale scoperta è che lo stesso sito già in epoca romana era occupato da un edificio di origine sacra. Il complesso monastico fu eretto nel 1268 durante il pontificato del papa francescano Clemente IV a fianco di una chiesa già esistente dedicata a Sant'Agnese e non lontano dal monastero benedettino di S. Maria Agraiano di S. Pio. Nel corso dei secoli il complesso ha subito diversi rimaneggiamenti. Il convento ha, nel chiostro, l'elemento centrale intorno al quale sono situati i vari ambienti monastici e la chiesa del XIV sec...Degni di nota sono le diverse colonne ed i capitelli del portico dove appare evidente lo spirito rinascimentale che ne influenzò la ricostruzione tardo quattrocentesca. La facciata della chiesa è caratterizzato da un bel portale romanico. Nella lunetta votiva sovrastante vediamo S. Chiara, a destra, in atteggiamento modesto mentre, a sinistra, S. Francesco genuflesso si offre con la mano sinistra sul cuore al bambino Gesù che, in grembo alla Beata Maria Madre e con il globo nella sinistra (Salvator Mundi), accettandolo, lo benedice.